The SpongeBob Movie: Sponge on the Run menceritakan petualangan SpongeBob dan Patrick untuk menyelamatkan Gary si siput, yang diculik oleh Raja Poseidon untuk perawatan kecantikannya. Plankton memanfaatkan ini sebagai kesempatan untuk mencuri resep Krabby Patty.
Dalam perjalanan menuju Atlantic City, SpongeBob dan Patrick bertemu Sage (Keanu Reeves), gulungan rumput gurun bijaksana yang memberi mereka “koin keberanian” dan membimbing mereka melewati berbagai rintangan.
Sesampainya di istana Poseidon, mereka menemukan Gary dan berusaha menyelamatkannya, namun tertangkap. Saat akan dieksekusi, teman-teman dari Bikini Bottom (Sandy, Tuan Krabs, Squidward, bahkan Plankton) datang menyelamatkan mereka, menunjukkan pentingnya persahabatan mereka dengan kilas balik masa lalu.
Dengan kekuatan persahabatan dan keberanian yang sejati, SpongeBob dan kawan-kawan berhasil mengalahkan Raja Poseidon. Raja Poseidon pun belajar nilai persahabatan dan akhirnya membebaskan Gary serta siput-siput lainnya. Film ini menekankan persahabatan dan keberanian dengan humor khas SpongeBob.
