Musim kedua The Umbrella Academy membawa para Hargreeves ke era 1960-an di Dallas, Texas, setelah mereka melarikan diri dari kiamat yang disebabkan oleh Viktor di akhir musim pertama. Namun, mereka terlempar ke waktu yang berbeda-beda, membuat mereka harus membangun kehidupan baru masing-masing sebelum akhirnya bersatu kembali.
Five tiba di tahun 1963 dan menyaksikan dunia akan berakhir akibat ledakan nuklir. Ia menyadari bahwa keluarganya kembali menyebabkan kiamat, kali ini karena Viktor yang kehilangan kendali saat disiksa oleh FBI. Untuk mencegah kehancuran, Five harus mengumpulkan semua saudara kandungnya yang kini menjalani kehidupan berbeda: Klaus memimpin sekte spiritual, Allison menikah dengan aktivis hak sipil, Diego berusaha menghentikan pembunuhan JFK, Luther menjadi petarung bayaran, dan Viktor tinggal bersama keluarga petani sambil merawat anak bernama Harlan.
Konflik semakin rumit dengan munculnya Lila, seorang wanita misterius yang ternyata anak angkat dari The Handler—pemimpin organisasi waktu bernama The Commission. Lila memiliki kemampuan meniru kekuatan orang lain, menjadikannya lawan tangguh bagi Umbrella Academy. Sementara itu, The Handler berusaha menguasai The Commission dan memanipulasi Five untuk membunuh dewan direksi.
Puncak cerita terjadi di pertanian tempat Viktor dan Harlan tinggal, di mana kekuatan Harlan yang tak terkendali memicu pertempuran besar antara Umbrella Academy, Lila, dan pasukan The Commission. Setelah pertarungan sengit, Viktor berhasil menenangkan Harlan, dan Lila memilih pergi setelah mengetahui kebenaran tentang kematian orang tuanya.
Musim ini berakhir dengan para Hargreeves kembali ke tahun 2019, hanya untuk menemukan bahwa rumah mereka kini dihuni oleh kelompok baru bernama Sparrow Academy, dan ayah mereka, Reginald Hargreeves, masih hidup—membuka jalan untuk konflik baru di musim berikutnya.
